Oprettelsen af museet blev besværliggjort af bl.a. demonteringer, plyndringer, forfald og mangel på penge til at indrette museet og vedligeholde de bygninger, der var tilbage. Polen var stærkt påvirket af krigen, og der var mangel på det meste. Så befolkningen i området brugte de materialer, de kunne finde, uden hensyntagen til deres historiske værdi. Derudover blev lejren dagligt plyndret af tyve, som håbede at finde guld eller andet af værdi.
Polsk eller jødisk?
I Auschwitz I påbegyndte man restaureringer og foretog rekonstruktioner af bl.a. Krematorium I. Birkenau derimod fik lov at forfalde, og der blev ikke gjort noget for at vedligeholde denne del af lejren. Da lejren endnu var i funktion, husede Auschwitz I hovedsageligt polske fanger, mens Birkenau var det sted, hvor den største del af jødeudryddelsen fandt sted. Auschwitz I var altså det naturlige udgangspunkt for en fortælling om den polske nations lidelser, mens Birkenau derimod lagde op til erindringen om de jødiske lidelser. Dette kan ses som et udtryk for, hvordan museet – godt hjulpet på vej af den polske regering og den sovjetiske overmagt – lagde vægt på den nationale polske side af Auschwitz’ historie. Den jødiske side af historien blev derimod marginaliseret og fremstod ikke særlig tydeligt i den erindring, der blev formidlet.