Kommunistlejren
Den bedst kendte del af Horserødlejrens historie er nok den om de kommunistiske fanger. Den tog sin begyndelse den 22. juni 1941, hvor omkring 300 danske kommunister blev anholdt, fordi de var medlemmer af kommunistpartiet. Den 20. august 1941 blev 107 mænd sendt til Horserødlejren fra Vestre Fængsel i København, hvor de havde været indespærret siden anholdelsen i juni 1941. De ankom til Horserødlejren, hvor Alfred K. Bentzen var fængselsinspektør. Bentzen gjorde alt, hvad han kunne, for at opholdet skulle blive en så ubehagelig og ydmygende oplevelse som muligt. Flere af fangerne klagede over ham i breve til deres familier og til myndighederne, men først efter halvandet år blev Bentzen udskiftet.
Fra folketingsmedlem til fange
Folketingsmedlemmet Martin Nielsen var fange i kommunistlejren. Han har i flere bøger beskrevet sit ophold i Horserødlejren og den efterfølgende deportation til kz-lejren Stutthof:
Den 29. august 1943 lykkedes det ca. 100 af kommunistlejrens fanger at stikke af, Martin Nielsen var ikke mellem dem. De resterende 150 kommunister i Horserød blev deporteret den 2. oktober 1943 med samme skib som en del af de jødiske fanger. Kommunisterne blev sendt til kz-lejren Stutthof ca. 35 km øst for Danzig, det nuværende Gdansk.